Мозг фараона тоже удаляли, но в несколько отличной от остальных органов манере. Дыру делали в основании черепа, мозг доставали небольшими порциями и выбрасывали.
Первый этап (не считая подготовку) бальзамирования состоял в том, чтобы высушить тело. Для этой цели использовали соду натурального происхождения, которую собирали в на месте высохших озер. Эта смесь в основном представляла собой карбонат и бикарбонат натрия. В небольших количествах в ней могли содержаться хлорид натрия и сульфат натрия. Помимо адсорбции воды, сода вымывала из тела жировые ткани.
Действие соды предотвращало процесс разложения тела на 40 (некоторые источники утверждают, что и на 70) дней. В течение этого времени древние специалисты должны были успеть завершить весь обряд бальзамирования.
После того, как сушка заканчивалась, соду выскребали из тела. На следующем этапе тело набивали опилками и льном, использую множество добавок: корицу, мирт, ладан, кассию. По некоторым сведениям даже лук. Высушенное тело пахнет все еще не очень. Поэтому все эти манипуляции и ингредиенты, предположительно, должны были исключить неприятные запахи. Отдельные вещества служили другим, не ароматическим, целям.