Как и на этапе НИР, первым делом подтверждают подлинность получаемого соединения (ЯМР, ГХ-МС, хроматография). Но на этапе НИОКР необходимо точно понимать, продукт с каким химическим составом получается на каждой стадии, какие примеси в нем образуются. Для идентификации и количественного определения примесей необходимо разработать селективную хроматографическою методику (ГХ или ВЭЖХ). Идентификацию примесей проводят методом масс-спектрометрии (ГХ-МС или ВЭЖХ-МС).
Кроме полупродуктов и конечного продукта, при поиске оптимальных условий ведения процесса требуется анализ состава реакционных смесей, для каждой из которых часто необходимо разработать отдельные условия хроматографического анализа.
При отработке и оптимизации технологий, эксплуатации опытных установок, как правило, требуется более детализированный и частый анализ по сравнению с промышленным производством. Соответственно, возникает большой поток проб, анализировать которые нужно очень быстро, поскольку процесс в большинстве случаев идет в непрерывном круглосуточном режиме.